Stammzelltransplantationen werden überwiegend bei Patient:innen durchgeführt, die unter bösartigen Erkrankungen des blutbildenden Systems leiden. Dazu gehören verschiedene Formen von Leukämie und Lymphknotenkrebs bei Kindern und Erwachsenen, die schwere aplastische Anämie, schwere angeborene Immundefekte sowie verschiedene Erkrankungen der roten Blutkörperchen. Am häufigsten wird die Stammzelltransplantation jedoch bei verschiedenen Formen von Blutkrebs angewandt, wenn eine Chemotherapie allein nicht ausreicht.